アルカトラズ島
南北戦争が終わると、島に設置された旧式の大砲は時代遅れになってしまったため、徐々に撤去された。
それに代わって、防弾壁が島を取り囲むように建てられた。内部には弾薬庫などが設けられていた。
軍事刑務所化
南北戦争の前後から、島は監獄としての役割も果たすようになった。
地下の留置場に、島内や周囲の砦から送られた脱走兵、窃盗犯、酔っ払いなどが収容された。 
1861年、アルカトラズ島は太平洋省の軍事刑務所として正式指定された。南北戦争中には、反逆罪で捕らえられた南部連合派のカリフォルニア市民もここに収監された。
収容者は増加し、1863年頃にロウアー・プリズン (Lower Prison) と呼ばれる刑務所棟が建てられ、19世紀末まで平均100人を収容していた。
