サントリーニ島は群島で最大の島は、カルデラ東側で三日月形に広がるサントリーニ島本島であり、フィラやイアなど主要な集落はこの島に位置する。
次いで大きいのは、カルデラ西北に位置するティラシア島であり、群島で人が定住する島はこの二つである。
サントリーニ島で、人口1000人以上の集落は以下の通り（人口は2001年国勢調査時点）。
フィラ – 2,113人
エンボリオ – 1,773人
カマリ – 1,351人
カルテラドス – 1,089人
メサリア – 1,075人
島の中心集落は、カルデラ東側中央の断崖上に位置するフィラ
フィラの北にはフィロステファニ、フィロステファニの北にはイメロヴィグリの集落があり、カルデラに面した奇観で知られている。カルデラ北側にはイアの集落がある
人口約760人のイアは、島北部のイア地区の中心集落で、「ブルードーム」と通称される教会や風車で知られる
カルデラ側とは反対側、島の東南部には、ビーチリゾートとして知られるカマリやペリサの集落があり、カマリの北方の平野に空港が設けられている
島の南部にはエンボリオの集落が広がっている。島の西南部にはアクロティリの集落がある。
地質学、歴史学の分野において、これらの群島が、かつては一つの大きな島であったと証明されている
